Pakiranje z Trčenje-Koliko molekulske dinamike
Nextranks

Pakiranje z Trčenje-Koliko molekulske dinamike

Ta spletna stran vsebuje izvršljive različice programov Fortran za pripravo in analizo dvo-in tridimenzionalne težko delcev tesnila uporabo dogodku molekularno dinamiko, kot je opisano v tem dokumentu: "Sosed Seznam Collision-Driven Molecular Dynamics Simulation za Nonspherical delcev. I. Algoritmična Podrobnosti II. Prijave elips in Ellipsoids" A. Donev, FH Stillinger, in S. Torquato, J. Comp. Phys, 202 (2): 737-764 (del I) in 765-793 (II. del), 2005 Prav tako smo sproščeni C + + izvorne kode (to je lokalno ohraniti kopijo strani skupine Torquato) za veliko izloča navzdol in manj učinkovite različice, ki ravna le pakiranju z sferah, vendar v poljubnem dimenzionalnem prostoru Evklidskih. Opozorilo: Programi Tukaj podane so splošna molekularne dinamike kode. Lahko se uporablja za prepape neurejenih zagozdene tesnila trdih delcev, če se uporablja z ustreznimi možnostmi. Programi ne samodejno ustvari tesnila, še sam zataknil tesnila. Jaz bi bil vesel, da pomagajo pri pripravi konfiguracijske datoteke vhodnih opravlja posebne naloge, kar imate, samo e-mail me na aleks.donev@gmail.com. Datoteka tar vseh izvedljivih Linux in vhodnih datotek, potrebnih igral s dogodku MD in analizo, ki izhajajo tesnila je PackLSD.tar.gz, vendar pa lahko tudi ogledate na seznamu datotek neposredno, ker sem včasih dodajo nove exectuables tam. Za zdaj sem samo dokumentirani v sfero pakiranje možnosti in ostalo skrito, da bi se izognili dodatnim kompleksnost za ellipsoids. Imam tudi skrite možnosti, povezane s sosednjimi seznamov in drugih optimizacij, ki zahtevajo poznavanje tesno z algoritmom in jih je težko podrobno pojasni. Pišite mi, če potrebujete več, ali pa si oglejte zadnji odsek na tej spletni strani (Advanced uporaba). Če uporabljate to za proizvodnjo, objavljene rezultate, se sklicevanje na zgornjo papir. Preberite ta navodila pred spraševanjem, in tudi pogled na primere, ki sem! Proizvodnja Embalaža uporabljajo MD Binarne datoteke za generiranje zataknil pakiranje s trdo delcev MD so PackLSD.static.x (ali dobili 64-bitno različico sistema za x86_64), za embalažo, ki so sestavljena iz manjšega števila delcev vrst (monodisperse, bidisperse, tridisperse, itd) ali PackLSD.poly.static.x za resnično polydisperse pakiranju, kjer vsak delec ima drugačno obliko / velikost. V izvedljive le člen v standardu (OpenGL, libtiff, libjpeg, itd) Linux knjižnice in povezave openglut statično, ki lahko povzročijo okvare na nekaterih sistemih. Programi so pripravljeni na srednji optimizacije za generično procesorja IA32, na x86 Linux OS. Morajo teči na večini Linux x86 odtrgati podpora v redu, in upam, da druge podobne distribucije, kot tudi. Za zagon tega na x86_64 sistemih boste morali imeti nekaj združljivosti podporo za 32-bitne izvedljive. Teka vhodna datoteka PackLSD.input ali PackLSD.poly.input je treba prenesen v izvršljiv. Glavni vhod je datoteka zbirka Fortran 90 namelists kot v primerih Input / PackLSD.nml in vhod / PackLSD.poly.nml. Ime pakiranje se lahko spremeni v notranjosti PackLSD.input in se uporablja kot osnova za vse vhodno / izhodne imena datotek (kot je ime datoteke PackLSD.nml). Program ponavadi natisne, ko so datoteke odprta ali zaprta. Izvršljiv treba teči v imenik, kjer bo prišlo do poddirektorije imenovane vhod, izhod, statistika, podatki, prizori, grafični in VRML, in datoteke so dani ali brati od teh podimenikov. Nml datoteka mora biti v vnosno imenik, in datoteke pakiranje proizvodnja se shranijo podatki. Sem dokumentiral možnosti, ki jih bodo potrebovali v Nm datoteko in odstrani večino drugih (nekatere je treba pustiti v od privzete vrednosti, niso primerni za splošne namene). Največ možnosti so enake za programe PackLSD.static.x in PackLSD.poly.static.x, in manjše razlike lahko vidimo v vnosno primer/PackLSD.poly.nml. Prosim, da mi nekateri sprašujejo, če opcija ni jasno. Simulacija procesov določeno število MD dogodkov (trki), ki se imenuje faza. Na koncu vsake faze nekatere statistične podatke, so proizvodnja, po možnosti začasno shranjena datoteka, je pogled OpenGL osveži, delcev rescaled hitrosti, lahko itd Veliko postopka mora delovati, dokler se motenje dosežen, kot je določeno z možnostmi v namelist datoteke. Izvedljiva, lahko uporabite OpenGL da postane za predvajanje pakirni proces, tako da lahko vidite, kaj se dogaja. Lahko uporabite miško za povečavo, vrtenje, itd Obstajajo tudi možnosti za ustvarjanje posnetkov slike, ki se lahko uporablja za izdelavo animacij (Toplo priporočam MNG datotečni format!) Analiza PAKIRANJU Nastale embalaža se lahko kasneje ogledov / analizirali s pomočjo programov ProcessPacking.static.x ali ProcessPacking.poly.static.x. Še posebej, lahko onemogočijo uporabo OpenGL, da parcele, ali izračunati korelacijsko funkcijo par G2 (r) ali strukturo faktor S (k), kot tudi gradnjo in postane NNLs (skoraj soseda seznami), ki temelji na bližino ali Delaunay / Voronoievi sosedi.Vhodna datoteka je namelist Input/ProcessPacking.nml v podimeniku vhod. Vsebuje komentarje, ki opisujejo različne vnosnih polj. V 2D je mogoče ustvariti lepe zneske EPS za vključitev v časopisih in 3D ponudim nekaj VRML modeli. To ni podrobno dokumentiran (učenje z opazovanjem primerov, čeprav je potrebno poznavanje VRML).(Anizotropne, vektor k) struktura dejavnik v 3D se shrani kot datoteka VTK, ki jih lahko pogledal na uporabo programa Obiščite upodabljanja. Oblike datotek Vhodni / izhodni pakiranje datoteke uporabljajo format, ki bi morala biti enostavna za razumevanje, glej primer dat datoteka Data/LSD.HS.mono.3D.N = 1000.1.dat. Pri pakiranju, ki vsebujejo majhno število delcev vrste (mono, bidisperse, itd), ta format je ASCII datoteka, kakor sledi:
n_dims ! Euclidian space dimensionality (2 or 3)
N dispersity ! Total number of particles and number of species
N_1 N_2 ... ! Number of particles of each specie
D_1 D_2... ! Sphere diameters for each specie
Lambda ! Lattice vectors for unit cell
T T T ! Periodic or hard wall boundaries
x1 y1 z1 ! Coordinates of first sphere center
x2 y2 z2 ! second, etc...
...
Oblika je nekoliko drugačna za resnično polydisperse embalaži delcev specifične premer je po koordinat delca v:
n_dims
N dispersity
N_1 N_2 ... ! One for each specie (each specie is a distribution for polydisperse packings, rather than a fixed size)
Lambda ! Unit cell
T T T ! Periodic or hard wall
x1 y1 z1 D1
x2 y2 z2 D2
...
Kontaktne/Sosed mreže, ki so zapisana v datoteke v končuje s "nnl.dat." In ima naslednjo obliko:
M2 N M
1 N_1
j1_1  k1_1  l1_1
j1_2  k1_2  l1_2
...
2 N_2
j2_1 k2_1 l2_1
....
Tu M2 je skupno število stikov iz datoteke. Ta vključuje navodila za stikov med delci in M omogoča skupno število oseb, brez dvojnega štetja (M = M2 / 2 z redno BCS, vendar pa se lahko spremeni, če se vključijo težko stenske sosedov). N je skupno število delcev. Potem pride Seznam vseh N_1 stikov delca 1, našteti drug za drugim, kjer je j1_1 sosed delcev, k1_1 je slika celica identifikator (razloženo v kratkem) in l1_1 je moč interakcije med delci (npr. kot sile lahko --- ne upošteva, če ni potrebna, vendar mora biti kot plavajočo vejico številko), je itd slike identifikatorji za periodične robne pogoje, ki označuje stike prečkajo kolobarja in je pojasnjeno v dokumentu navedena na vrhu te strani. To je nič, če je stik med delci v celici osnovno enoto. Ko so našteti vsi kontakti za delca 1 je enako storil delcev 2, itd Upoštevajte, da če delec sosed je negativna, ki označuje trdi zid, s Sosed = - (2 * n + k) kjer je k označuje, katera od 2d stenah je. Napredno Uporaba: Celoten seznam namelist možnosti Če poznajo z osnovno delovanje navedenih programov, in nihče ni prebral potrebnih referenc, lahko poskusiti uporabljati tudi bolj napredne funkcije, kot so seznami bližnji sosed (NNLs). Za pakiranje generacije kod vhodna datoteka vsebuje PackLSD.full.input vse vhodne možnosti.Namelist vhodna datoteka vsebuje Input/PackLSD.2D.nml vse možnosti vnosa (se ustanovi za 2D, z očitnim posploševanje v 3D). Za analizo tesnila, vhodna datoteka vsebuje ProcessLSD.full.input celoten seznam možnosti vnosa in namelist Input/ProcessPacking.2D.nml vsebuje seznam vseh razpoložljivih možnosti. Priporočamo dodajanje možnosti postopoma spoznavajo z njimi prvi, pa tudi zagotoviti, da verzija izvedljivi program, ki ga uporabljate je do datuma in sprejema določeno namelist možnost (saj sem dodati nove možnosti, ves čas --- če možnost ni priznana, samo komentar ven in prosi za posodobitev izvršljiv). Ni nepomembno, da odločijo, katera možnost je združljiva z drugimi možnostmi, ali možnost, ki je potrebna, če je nastavljen nekaj zastava. Igral in me vprašal vprašanje, če je potrebno. Na voljo je tudi različica za pakiranje kode, ki generira pakiranje superellipses in superellipsoids. To se izvaja s taksist elipsoida kodo za vključitev superellipsoid eksponenti. Upoštevajte, da je ta številka številčno občutljiva za visoke zastopnikov, pa tudi, da je veliko počasnejši od elipsoidna oznakami. Upoštevajte tudi, da v bližini seznami sosed in s tem vse, kar se od njih zahteva ne deluje superellipsoids, ker je tako imenovani notranji prekrivanje možnosti še niso bile izvedene (oziroma teoretično splošni) za superellipsoids. Tovrstne programe, ki delajo z superellipsoids so PackLSD.super.static.x in ProcessPacking.super.static.x. Kot primer uporabe, poskusite:
PackLSD.super.static.x < PackLSD.super.input
ProcessPacking.super.static.x < ProcessPacking.full.input

Prevedeno iz http://cims.nyu.edu/~donev/Packing/PackLSD/Instructions.html

Domača stran			
...